如何向NCBI提交藻种序列

Sequin介绍

  1. 提交的是批量而且比较复杂的序列
  2. you are submitting mutation, phylogenetic, population, environmental, or segmented sets
  3. 喜欢图形的界面,有更的选项和功能,可以批量修改
  4. 获得相关的分析工具
  5. 随时可以保存

 

Sequin提交序列图解教程

 

1,Sequin开始界面

开始一个新的提交或是选择编辑已有保存的文件(Read Existing Record),用Sequin的好处就是你可以保存下来,可以随时修改。直到满意后再向NCBI提交。

向NCBI提交藻种DNA序列

向NCBI提交藻种DNA序列

 

2,输入Title,作者,联系方式等

Title是必须的。自行添写一个。然后点Next Page到Contact菜单,添加联系方式。再Next Page,填写作者等。能填写的就填上,越详细当然是越好的。不知道的话可以跳过,因为后面也是可以重新修改的。

向NCBI提交藻种DNA序列

向NCBI提交藻种DNA序列

3,添加序列

准备一个Fasta格式的序列。保存在一个文件。可以选择单个序列或是批量序列。其它的Type都是比较特殊,不常见。

向NCBI提交藻种DNA序列

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4,添加序列的注释信息

上传了序列之后,点击Next Page继续添加序列的信息,如属于哪个物种的,序列注释。有没有蛋白序列等。这里也是一样,能填的就填上,不懂就Next。后面也是可以修改的。

向NCBI提交藻种DNA序列

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5,GenBank格式的界面,最后修改

Edit菜单

上面的步骤都完了之后。出现一个GenBank格式的界面,如下图。在这里,一切信息就一目了然。那里不对,需要修改的。双击就行了。另外,在Edit菜单比较修改作者、联系方式等资料。

向NCBI提交藻种DNA序列

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Annotate菜单

在Annotate菜单可以添加序列的注释,也可以批量添加。如加CDS区,exon区等等。其格式可以参照其它序列的GenBank格式。

6,保存序列

如果在中途要临时保存,在File菜单的Save,保存后的文件是.sqn。全部修改完毕后,选择File/Submission。就会有一个提示框,提示把保存后的发送一封邮件到NCBI。

向NCBI提交藻种DNA序列

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7,发送邮件提交序列

把保存后的。sqn文件发到gb-sub@ncbi。nlm。nih。gov。等待几天,NCBI就会有回音的啦。

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